Las Capitanías Marítimas y los Distritos Marítimos dependen orgánica y funcionalmente del Ministerio de Transportes, a través de la Dirección General de la Marina Mercante.
- El despacho de los buques, sin perjuicio de las preceptivas autorizaciones previas que correspondan a otras Administraciones.
- La aplicación de las normas sobre enrolamiento y desenrolamiento de tripulaciones y las relativas a los pasajeros o a las personas ajenas a la tripulación y al pasaje.
- Hacer cumplir el reglamento en el Recinto Portuario.
- La coordinacion con los Cuerpos de Seguridad que operan en el recinto Portuario.
- El control y seguridad de las mercancias que transitan por el Puerto juntamente con Aduanas.
- Las inspecciones de las condiciones de navegación de los buques civiles nacionales y de sus tripulaciones.
- Las inspecciones de los buques extranjeros en puertos nacionales, de acuerdo con los convenios internacionales suscritos por Guinea Ecuatorial.
- La inspección de las mercancías a bordo de los buques, especialmente de las clasificadas internacionalmente como peligrosas.
- La inspección de los medios de estiba y desestiba de los buques, en los aspectos relacionados con la seguridad marítima.
- La propuesta de autorización o prohibición de las operaciones de carga o descarga de los buques que atraquen en puertos Nacionales.
- El seguimiento y control, en coordinación con los restantes representantes de las Administraciones públicas competentes en la materia, del plan nacional de servicios especiales de salvamento de la vida humana en la mar y de la lucha contra la contaminación del medio marino.
- La supervisión de las investigaciones en caso de siniestros marítimos o episodios de contaminación.
- La intervención en los procedimientos de determinación de los canales de entrada y salida de puertos, el balizamiento de los accesos a puerto y en las playas, y la propuesta de establecimiento de los Dispositivos de Separación de Tráfico.
- La determinación y el control de las zonas de fondeo y de maniobra de los buques fuera de aguas portuarias.
- La autorización o prohibición de entrada y salida de buques de las aguas Nacionales.
- El cierre del puerto cuando circunstancias de seguridad marítima así lo aconsejen.
- La supervisión de servicios como el practicaje o el remolque.
- La inspección de las instalaciones de recepción de residuos oleosos en los muelles o en sus cercanías.
- El informe preceptivo y de carácter vinculante a las Autoridades Portuarias en los casos de hundimiento de buques, operaciones de reflotamiento o desguace de buques y obras de dragado, cuando tengan lugar en aguas portuarias.
- La imposición de la legalidad y tramitación de sanciones por infracciones contra la seguridad marítima, la ordenación del tráfico o la contaminación.
- Y en general todas aquellas funciones relativas a la navegación, seguridad marítima, salvamento marítimo y lucha contra la contaminación del medio marino en aguas situadas en zonas en las que Guinea Ecuatorial ejerce soberanía, derechos soberanos o jurisdicción.